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Depuis le début du chantier, plus de 14000 m² de terrain ont été décapés. Cela a permis de mettre au jour près de 500 structures uniquement dans la partie Nord de la Zone Sud.

Chacune d’entre elle demande un travail de fouille minutieux.
Selon un protocole précis qui a été mis en place, les structures en creux sont divisées en 2 :

- la première partie est fouillée à la mini-pelle qui descend progressivement jusqu’à ne décaper que quelques centimètres sur la fin. A chaque passage, l’archéologue collecte le mobilier et vérifie que rien de notable ne soit mis au jour. Cette opération prend environ 2 heures. Ensuite, la coupe est nettoyée, photographiée et relevée

- la seconde partie peut être fouillée manuellement en fonction des résultats de la fouille mécanique

La fouille de chaque structure peut pendre entre une demi-journée et plusieurs journées de travail suivant son intérêt et sa complexité.

Afin de renforcer l’équipe, le chantier a accueilli de nouveaux techniciens de fouille début août. Leur première journée a été consacrée à la visite du chantier et la présentation de points importants comme le contexte, la sécurité, les protocoles de fouille et d'enregistrement des résultats et les enjeux. (voir article dans la section Approfondir « l’archéologie au quotidien »). Aujourd’hui, 17 personnes travaillent à plein temps sur le terrain pour réaliser cette fouille.

Le nombre de découvertes augmentant progressivement, un archéozoologue (spécialiste de l’étude des os des animaux) est régulièrement présent sur le chantier. Son objectif est d’effectuer un premier diagnostique sur la faune, pour juger notamment de son état de conservation et réajuster les méthodes de prélèvement des restes fauniques sur le terrain.